Став патриархом, Алексий I считал важнейшей своей задачей восстановление нормальной жизнедеятельности Русской Церкви после периода жестоких гонений. Однако и на его долю выпали тяжелые испытания, более изощренные, чем это было в эпоху открытого противостояния. Лучшей оценкой трудов патриарха Алексия является свидетельство о них потомков: «В период его первосвятительства были лучшие и худшие времена, но неизменной оставалась забота патриарха о сохранении церковного организма. Его труды во многом позволили не утратить преемственную связь церковной жизни с ее дореволюционным периодом — связь, которая вследствие гонений уже тогда была значительно ослаблена и была способна оборваться».
М.В. Первушин
После Великой Отечественной войны положение Церкви в государстве и обществе начало стабилизироваться. За послевоенное десятилетие количество действующих храмов выросло с десяти тысяч до тринадцати с половиной. Активно обсуждались вопросы патриотической деятельности Церкви, ее организационного и материального укрепления внутри страны, перспективы расширения сети духовных школ, создания Церковью своей издательской базы.
Государственная политика в отношении религиозных объединений на территории Советского Союза начала претерпевать кардинальные изменения со второй половины 50-х годов XX столетия. Спокойные отношения с Церковью преподносились как сталинское наследие, которое следует ликвидировать. Времена «хрущевской оттепели» обернулись для Русской Православной Церкви лютым морозом.
Правительством Советского Союза по указанию Хрущева был принят развернутый план антирелигиозной борьбы под названием «Мероприятия по укреплению атеистического воспитания населения», в котором указывалось: «Нельзя благодушествовать и рассчитывать, что религия как антинаучная идеология отомрет сама по себе, без усилий, без борьбы с ней. Обязать комсомольские организации вести неустанную борьбу с носителями религиозного дурмана, вырвать из-под их влияния наших юношей и девушек, а партийные организации к разоблачению реакционной сущности и вреда религии».