Преподобный Нил вырос в селении под Новгородом, в зажиточной семье свободных крестьян. Что же толкнуло преподобного Нила на трудный путь уединения? Как он сам говорил впоследствии — это поиск мира душевного, желание отречься от житейских
страстей, на которые он успел насмотреться в своей деревне.
Сначала юноша Нил отправился в псковскую землю, в знаменитую Крыпецкую обитель в честь Иоанна Богослова. Монастырь этот был основан преподобным Саввой Крыпецким. Там Нил принял иноческий постриг и несколько лет проводил строгое монастырское житие. А в 1515 году Нил испросил благословение игумена монастыря удалиться в молитвенное уединение. Настоятель не хотел отпускать Нила: «Брат Нил, я не хочу тебя неволить. Но здесь, в монастыре, ты можешь принести много пользы. Ведь ты — хороший пример для других монахов».
Однако Нил все-таки уговорил игумена отпустить его на путь отшельничества. В глухом лесу возле речки Серемхи, что на Валдае, преподобный Нил срубил себе келью и оставался здесь 13 лет. Питался кореньями и грибами, пил только ключевую воду, закаляясь телесно и духовно.
Стали приходить в лесную глушь, к убогой хижине преподобного окрестные жители. Многие хотели услышать его мудрый совет или слово утешения. Но были и такие, кто посягал на скудные пожитки отшельника. Однажды лихие люди напали на преподобного, требуя неких сокровищ. Святой Нил вышел к ним с иконой Пресвятой Богородицы — единственным своим достоянием. Разбойники устыдились и просили прощения у преподобного. Он отпустил их с миром.
Но вот однажды, как вспоминал позже преподобный Нил, он во время молитвы услышал неведомый голос: «Ниле! Изыди отсюда и ступай на остров Столобной. На нем ты можешь спастись». Святой расспросил жителей, что за остров такой, и вскоре был на Селигере-озере. Возрадовался преподобный красоте необитаемого острова и сказал: «Се, Господи, покой мой, се жилище мое во век века». Здесь на неполном гектаре земли рос сосновый лес с примесью дуба, струились чистые, как слеза, ключи. На холме, именуемом в народе Столбом, Нил и поселился. Выкопал пещеру и срубил маленькую часовенку. Распахал небольшой огород. Святой избрал себе суровое житие: питался желудями и брюквой. Главный же телесный подвиг преподобного был в том, что он никогда не разрешал себе ложиться. Лишь изредка он позволял себе вздремнуть, повисая пазухами рук на деревянных крюках, вбитых в стену землянки. 27 лет провел он безвыходно на острове Столобном.