Первой такой попыткой объединения двух Церквей была Лионская уния. Отвоевав в 1261 году Константинополь, император Михаил Палеолог восстановил Византийскую империю. Однако за время западного владычества былое величие Византии было утрачено. Латинские императоры постоянно находились на грани банкротства и продавали все, что только продавалось. Церкви опустошались, дворцы разрушались; даже свинец с крыш императорского дворца был ободран и распродан. Новому императору требовались огромные средства не только для восстановления утраченного, но и для обороны отвоеванной империи. Ждать помощи можно было только от папы ценой соединения Церквей под властью Рима.
В результате переговоров император Михаил согласился подчинить Константинопольскую Церковь папскому престолу вопреки сопротивлению духовенства и народа. В 1274 году папа созвал Собор в Лионе. Делегация, представлявшая Константинопольскую Церковь, была крайне непредставительной и возглавлялась низложенным патриархом Германом. Зато папу представлял целый сонм знаменитых богословов. Однако никаких богословских дебатов на Соборе не было. Константинопольская делегация привезла с собой письмо императора, соглашавшегося на все условия папства. Так, Константинопольская Церковь формально вступила в унию с Римским престолом.
Однако вскоре стало очевидным, что принять папские условия императору оказалось гораздо легче, чем навязать их Церкви и народу. Практически вся империя отвергла унию. Патриарх Иосиф отлучил императора от Церкви. Тем не менее император остался верным подписанной им унии и использовал всю мощь государственной машины, чтобы навязать ее народу. Императору удалось низложить патриарха. Многие епископы, священники и монахи, отказавшиеся принять унию, были сосланы, брошены в темницы и замучены. Император пытался навязать унию и путем уговоров, объясняя ее политическую необходимость. Но он оказался бессилен. Сторонники унии служили в пустых храмах. Сестра императора, заявив, что «пусть лучше погибнет империя моего брата, чем православная вера», удалилась ко двору болгарского царя.