Когда фронт приблизился к Москве, патриархия была эвакуирована в Ульяновск. Окраина тихого провинциального города, где в маленьком доме разместился предстоятель Русской Церкви, стала в годы войны духовным центром России. Именно отсюда митрополит Сергий рассылал свои первосвятительские послания к пастве, призывая русский народ к мужеству и терпению: «Церковь раз и навсегда должна соединить свою судьбу с судьбою паствы как на жизнь, так и на смерть. И это она делает не из лукавого расчета, что победа обеспечена за нашей страной, а во исполнение лежащего на ней долга, как мать, видящая смысл жизни в спасении ее детей». По указу Синода по всей стране в православных храмах ежедневно за богослужением возносилась молитва о «сокрушении врагов и даровании победы».
Во многих приходах по стране проводился сбор средств на нужды обороны, на подарки бойцам, на содержание раненых и сирот в детских домах. В 1942 году митрополит Сергий обратился к пастве с призывом собрать средства на сооружение танковой колонны имени Дмитрия Донского. В ответ на этот призыв вся церковная Москва собрала свыше двух миллионов рублей. В блокадном Ленинграде православные собрали один миллион, а всего на танковую колонну было собрано более 8 миллионов рублей.
И в последующем призывы Сергия к пожертвованиям на нужды обороны Отечества встречали самую горячую поддержку. Так, на деньги верующих были построены авиаэскадрилья имени Александра Невского и самолеты сибирской эскадрильи «За Родину». Всего за войну по приходам было собрано и передано правительству более трехсот миллионов рублей на нужды фронта.
Грозная опасность, нависшая над самим существованием нашего государства, необходимость всенародного единения для победы над врагом, патриотическая позиция Русской Церкви побудили советское правительство к изменению религиозной политики. Начали открываться приходы, закрытые в 30-е годы. Многие из оставшихся в живых священнослужителей были освобождены из лагерей. Возобновились архиерейские хиротонии. Прекратил свое существование «Союз воинствующих безбожников», были закрыты антирелигиозные музеи. В начале войны в Ленинграде оставалось только пять действующих православных храмов, но они не прекращали богослужений во время блокады даже в будни. Из-за несмолкаемого обстрела, от взрывов бомб окна в храмах нередко были выбиты, температура опускалась ниже нуля. Однако певчие пели в пальто, в валенках, от голода едва держась на ногах. И эти храмы были переполнены молящимися и причастниками.