Первоначально беспоповцы старались придерживаться какого-то общего курса и, возможно, вырабатывалось какое-то общее для всех общин вероучение. С этой целью в 1692 и 1694 гг. ими были проведены церковные соборы. Их отличительной особенностью был поразительный факт - на эти соборы не было приглашено ни одного человека, который официально имел бы какой-либо духовный сан. С точки зрения канонов православия это был вовсе не церковный собор, а "сборище" мирян. С точки же зрения евангельской истории это были соборы (съезды) представителей поместных общин.
Вопросы организации и руководства на этих соборах были решены в духе "стригольников" и "жидовствующих": руководство общинами поручалось наставникам (без рукоположения и сана), а обсуждение наиболее важных вопросов церковной жизни было отнесено к компетенции всеобщих соборов.
Постоянно действующего руководящего центра не предусматривалось.
Но такая форма руководства была непрочной и неэффективной - особенно в то время все более усиливающихся репрессий со стороны государства и официального духовенства, а также при все более возрастающем расслоении беспоповщины по догматическим вопросам.
Советский исследователь раскола А.Е. Катунский в своей книге "Старообрядчество" писал о беспоповцах так: "Поскольку соборы отступили от некоторых предписаний Аввакума, их решения не были поддержаны частью старообрядцев, отрицавших церковную иерархию... "
Впоследствии беспоповцы разделились на многочисленные "толки" и "согласия". Их относительно полная классификация дана в письме В. Д. Бонч-Бруевича в Наркомат внутренних дел СССР от 9 июля года. Он выделяет в беспоповщине семь течений, которые делятся на 28 направлений. Другие исследователи предлагают несколько иную классификацию с незначительными вариациями. Примерная схема беспоповщины такова: