Активисты движения стали разъезжать по всем городам и селам Египта. И за короткое время это движение стало пользоваться популярностью и симпатиями населения страны. «Братья-мусульмане» занимались также благотворительной деятельностью. Постепенно ассоциация «братьев-мусульман» превращалась в сильную религиозно-политическую организацию. Члены организации перевели свою деятельность даже за пределы Египта. Например, они участвовали в палестинских событиях 1366-67/1947-48 годов. Увидев растущую популярность «братьев-мусульман», власти попытались взять деятельность этой организации под контроль. За Хасаном аль-Банной следила тайная полиция короля Фарука, члены организации подверглись репрессиям. В 1368/1949 году несколько членов тайной полиции совершили, с ведома властей Египта, покушение на Хасана аль-Банну, в результате которого он был убит.
Опасаясь членов организации «братьев-мусульман», египетские власти отправили войска в Палестину для пленения или уничтожения их вооруженных групп. Почти все они сдались в плен.
Мировоззрение Хасана аль-Банны основывалось как на классическом исламском наследии, так и на наследии египетских реформаторов - Джамал ад- Дина аль-Афгани, Мухаммада Абдо, Рашида Риды. Под влиянием этих идей Хасан аль-Банна развил некоторые концепции, например исламского джихада и исламского государства.
После массовых репрессий, арестов «братьев-мусульман» и убийства их лидера, это движение не ушло с политической арены. В 1372/1952 году они, со своим новым лидером Саидом Кутбом, пытались распространить свое влияние на египетское общество. Однако в стране победили идеи светского национализма. После этого радикально настроенное крыло «братьев мусульман» попыталось организовать покушение на президента Г. А. Насера, однако заговор провалился и по всей стране прошли массовые репрессии на членов организации. Саид Кутб также был арестован, а спустя несколько лет казнен. После этого организация пережило период расколов. Различные религиозно-политические группировки, отколовшиеся от этой организации, действуют в странах Ближнего Востока, Центральной Азии, Европе, Африке и других регионах мира. Среди них имеются как «умеренные», так и радикальные военизированные группировки. К радикальным группировкам относится, например, «Хизб ат-Тахрир аль-Ислами», который отделился от «братьев-мусульман» в 1372/1953 году, или «Аль-Джихад».