Произвол римских властей вылился в антиримское восстание в 66-73 гг. после рождества пророка Иисуса. Однако, несмотря на массовую героическую борьбу, восстание окончилось поражением восставших. Римляне, ворвавшись в Иерусалим, разграбили и разрушили город, а вместе с ним и второй храм. Через несколько десятков лет иудеи вновь подняли восстание против римского владычества. Его возглавил объявивший себя Мессией - Бар Кохба. Однако и здесь повторился тот же сценарий. Несмотря на героическое сопротивление восставших, римские легионы потопили это восстание в крови.
После этих событий Иерусалим был переименован римлянами в Илию. Под этим названием этот город был известен и в период византийского владычества. В 614 году после рождества пророка Иисуса, в результате войны Персии с Византией, Илия была захвачена персами, а спустя тринадцать лет византийскому императору Ираклию удалось отвоевать его обратно.
В 15 году хиджры (636 год) Кудс был без боя сдан мусульманам, которые нанесли тяжелое поражение Византии. По просьбе христианского населения города, Праведный халиф Омар I лично приехал из Медины и гарантировал его жителям безопасность. Он также распорядился построить на месте ночного вознесения пророка Мухаммада мечеть Аль-Акса.
Под властью различных мусульманских правителей Кудс оставался до 492/1099 года, когда город был захвачен крестоносцами, которые учинили здесь грабеж и массовую резню мусульманского населения. Мечеть «Аль- Акса» была осквернена и превращена ими в конюшню.
В 583/1187 году айюбидский султан Салах ад-Дин освободил Кудс от крестоносцев. После этого город вновь управлялся различными мусульманскими правителями. Несколько веков он он входил в состав Османской империи. Но, в 1917 году Иерусалим был захвачен англичанами. В 1920-47 годах он был административным центром английской мандатной территории Палестина. В 1947 году по решению ООН Иерусалим должен был стать независимым городом, однако после арабо-израильской войны 1948-49 годов восточная часть Кудса отошла к Иордании, а западная к Израилю. В результате арабо-израильской войны 1967 года Израиль оккупировал и восточную часть города.