С ранних лет молодой Джафар ас-Садик под влиянием традиций своей семьи проявил особое рвение и талант к изучению исламской традиции и наукам. Его обучали дед Али Зайн аль-Абидин и отец Мухаммад Бакир. Можно сказать, что Джафар ас-Садик был одним из основателей исламской правовой науки. Основные методы исламского права были изложены им, а в дальнейшем их развили другие факихи.
Мировоззрение и методы Джафара ас-Садика были изложены в работах его учеников. В шиитской традиции известна книга, которую написал Му- фаддал ибн Амр - ученик Джафара ас-Садика. В этой книге, которая по словам автора написана на основании воззрений своего учителя, рассматриваются проблемы единобожия (вахдания). Причем стиль изложения строится на основании разумных доводов в пользу бытия и единства Божьего.
Среди передатчиков учения Джафара ас-Садика был и Джабир ибн Хаййан. В частности, согласно его сведениям, Джафар ас-Садик был не только правоведом, но и мыслителем, философом, занимался естественными науками и космогонией. Однако суннитские улемы всегда подвергали сомнению достоверность трудов Ибн Хаййана, считая, что многие мысли там только приписаны Джафару ас-Садику. Но шиитская традиция отвергает это и принимает эти книги.
В имамитском шиизме все знания о религии и науках были получены членами семьи пророка непосредственно от самого пророка и передавались из поколения в поколение имамами - руководителями шиитской общины, которых было двенадцать. Джафар ас-Садик считается у них шестым имамом, который был большим знатоком всех наук. Но эти науки, по мнению шиитов, являются особыми, сокровенными. По сути, это тайные знания, которые передавались от одного имама к другому. Эти знания в шиизме называются «джафр». Это слово означает приблизительно «окрепший ягненок». Шиитская традиция приписывает Джафару ас-Садику глубокие знания в области «джафра».