Уже в свои двадцать лет, он обладал такими глубокими познаниями, что мог выдавать правовые предписания (фетвы) и передавать хадисы. В это время большой известностью и популярностью пользовался выдающийся мусульманский правовед Малик ибн Анас. Поэтому Мухаммад ибн Идрис специально поехал к нему в Медину с целью обучения. Причем перед поездкой он приобрел и внимательно изучил известный труд Малика ибн Анаса «аль-Муватту». Приехав в Медину, он длительное время брал уроки у Малика ибн Анаса, хотя иногда он выезжал оттуда в Мекку, а также к различным арабским племенам, для изучения тонкостей арабского языка.
После смерти Малика ибн Анаса в Хиджаз приехал наместник (вали) Ие- мена, который обратил внимание на Мухаммада ибн Идриса и забрал его с собой. Аш-Шафии исполнял обязанности кади (судьи) в Наджране. Там он обрел популярность и отличался справедливостью в разборе дел населения.
Однако затем начался период испытаний в жизни аш-Шафии. В Наджран был назначен наместник, который был тираном. Он обвинил Мухаммада ибн Идриса в близких отношениях с потомками Али ибн Абу Талиба (Алидами), которые находились в оппозиции к халифату Аббасидов. Однако никакой основы для выдвижения этого обвинения не было. Мухаммад ибн Идрис действительно уважал и любил членов семьи пророка Мухаммада (Ахль аль- Бейт) и, в частности, Алидов. Однако он не принимал никакого участия в восстаниях их сторонников против режима Аббасидов и не оказывал им поддержки. Противники аш-Шафии даже сфабриковали против него обвинение в том, что он будто бы являлся шиитом и не признавал халифат первых Праведных халифов.
Таким образом, Мухаммад ибн Идрис был арестован и, в 184 г.х., в кандалах отправлен в Багдад, к халифу Харуну ар-Рашиду. Там он имел беседу с халифом, которому он очень понравился. Более того, перед халифом за него заступился Мухаммад аш-Шейбани - видный деятель и выдающийся правовед ханафитской школы, который был в этот момент верховным судьей (кадием) Багдада. Увидев способности молодого Мухаммада ибн Идриса, Мухаммад аш-Шейбани заинтересовался им и попросил Харуна ар-Рашида проявить свою милость к нему. Тогда халиф, который не хотел проливать невинную кровь, решил отпустить аш-Шафии. Однако всю ответственность за него переложил на Мухаммада аш-Шейбани, который взял его к себе домой в качестве гостя.