В 1357/1938 году к А. Маудуди приехал другой известный индийский просветитель Мухаммад Икбал для совместного участия в освободительном движении, однако он вскоре умер.
А. Маудуди был сторонником отделения северных территорий, населенных в основном мусульманами от Индии и создания там независимого государства. Для борьбы за независимость он создал партию «Джамаат аль- Исламия». После образования государства Пакистан, он приехал в город Лахор и обосновался там. Здесь он приложил много усилий для того, чтобы Конституция Пакистана была принята на основе положений Ислама и общественная жизнь в стране регулировалась религией. Однако его противники обвинили его в антигосударственной деятельности, и он был брошен в темницу. В конце концов, народ Пакистана выразил желание объявить страну исламской республикой, так как целью выхода из состава Индии было именно это.
В 1369/1950 году А. Маудуди был освобожден и он снова стал активно участвовать в общественно-политических процессах в стране. Он открыто выступил против представителей секты кадианитов, которые действовали в провинции Пенджаб и подверг ожесточенной критике действия армейских властей Пакистана в связи с тем, что они не предпринимали никаких мер против деятельности этой секты. За это он снова был арестован в 1372/1953 году и приговорен к смертной казни. Но затем этот приговор был отменен.
После ухода военной диктатуры от власти, А. Маудуди был освобожден из заключения. Но после прихода к власти Аййуб Хана в 1377/1958 году военные вновь пришли к власти и все оппозиционные партии и группы были запрещены. Но эти события не испугали А. Маудуди и он продолжал деятельность в партии «Джамаат аль-Исламия». Поэтому над ним снова нависла угроза ареста. Но, в конце концов, власти не решились продолжать репрессии против него.