После становления Христианства государственной религией Риской империи (в частности, ее восточной части), религиозные деятели совместно с представителями императорской власти вели непримиримую борьбу с любыми идеями, которые могли составить конкуренцию идеологии этой религии, либо раскритиковать ее положения. Таким образом, древние традиции и устои античной философии и науки стали подвергаться ожесточенному давлению и репрессиям со стороны христианской церкви, выступившей в союзе
с государством. Одни за другими стали закрываться философские школы. Сами философы подвергались гонениям, а их книги публично сжигались на кострах. Последняя философская школа неоплатоников в Афинах была закрыта в 529 году.
Жестокие гонения начались и по отношению к тем христианским учениям, которые не соглашались с учением господствующей в империи Православной церкви. Все они были объявлены еретиками. В основном это были не- сторианцы и монофизиты. Единственным местом в Восточно-Римской (Византийской) империи, где еще продолжала функционировать философская школа, была Эдесса. Даже после победы Христианства традиции этой школы некоторое время поддерживались христианами-несторианцами.
В условиях жесточайших гонений, неоплатоники, перипатетики и представители других философских школ были вынуждены эмигрировать в Иран, где правящая династия Сасанидов создала благоприятные условия для их деятельности. Таким образом, во многих городах Ирана возникли различные научные и философские школы, которые сохранили и развивали традиции древней античной мысли. В У-У1 веках были известны такие школы (академии), как Нисибинская и Гундишапурская. Здесь также развивались такие науки, как математика, астрономия, медицина, география. В большинстве случаев хранителями традиций античной философии и науки выступали христиане-несториане. Они стали переводить многие известные им уцелевшие, после погромов в Византии, труды с греческого на сирийский и персидский языки.