Все это вызвало споры среди духовенства. Одни считали, что нельзя игнорировать последнюю волю мучеников и следует сразу же возвращать в лоно Церкви людей, предъявивших подобные ходатайства. Но была и противоположная точка зрения: человек, отрекшийся от Христа, подлежит отлучению от Церкви навсегда. Епископ Киприан, будучи тогда в изгнании, изложил свою позицию в «Книге о падших». Он советовал пастырям не препятствовать возвращению отрекшихся христиан в лоно Церкви, но перед этим подвергать их длительному испытанию, зримому покаянию, которое способно изгладить тяжкий грех отступничества. И эта позиция святителя Киприана в конечном счете возобладала.
Святитель Киприан оставил современникам и потомкам несколько основополагающих христианских трактатов. Главный из них: «Книга о единстве Церкви». Это сочинение впоследствии цитировалось на Третьем и Четвертом Вселенских Соборах: «Церковь — это основанное Господом и устроенное апостолами сообщество людей, представляющих одно целое. Во главе Церкви стоит Сам Господь наш Иисус Христос. Вне этой Единой Апостольской Церкви нет и не может быть спасения. Дом Божий — один, и пусть не воображают некоторые, что можно спастись, не повинуясь епископам и священникам».
Вскоре сбылись слова Киприана о своей смерти. Ровно через год после пророчества он был вызван в Карфаген из мест заключения и приговорен к казни.
Святитель Киприан вел себя спокойно и с достоинством. Даже палач уважительно отнесся к доброму пастырю, дал ему время помолиться перед смертью и благословить свою многочисленную паству, со слезами наблюдавшую за казнью любимого епископа. Все вспоминали его слова: «Вера без любви невозможна. Где нет любви к людям, там нет и веры в Бога».