В связи с началом войны ситуация в Европе полностью изменилась. Все иностранные миссионеры вынуждены были вернуться в Америку, а ВЕМ сфокусировала свою деятельность на славянском и восточно-европейском населении, проживающем в Западной Канаде и Южной Америке. Миссия поддерживала миссионеров и евангелистов, которые создавали церкви в этих местах. В частности, Николай Пейсти руководил служением радиопередач для славянского населения в Эквадоре и прилегающих странах. Начиная с 1945 года, миссия колоссально много помогала беженцам, которые в результате войны были оторваны от своего дома, посылая в лагеря беженцев продовольствие и одежду. Там же, в этих лагерях, миссионеры, посланные миссией, проповедовали Слово Божие для обездоленных, обессиленных людей, переживших ужасы войны. В 1953 году миссией был создан специальный центр в Западном Берлине, обеспечивавший материальную и духовную помощь тем людям, которые бежали на Запад. Этот центр закрылся в 1961 году, когда была построена Берлинская стена, и поток беженцев прекратился.
Начиная с 50-х годов, ВЕМ стала снова расширять свою деятельность в Восточной Европе. Были созданы центры работы миссии возле Амстердама, в Афинах, Мюнхене и Венне. Из центра под Амстердамом ВЕМ помогала евангелизировать Голландию через Заочные Библейские курсы, радиопередачи и создание специальных кафе для евангелизаций. Такие же кофейни были созданы возле Мюнхена. В Афинах миссия публиковала материалы для воскресных школ - для детей и взрослых. Там же был создан центр для конференций и дом для престарелых. Центр ВЕМ в Венне руководил евангелизационными программами для Восточной Европы. Он продолжал снабжать христианской литературой и гуманитарной помощью церкви и церковные организации в Болгарии, Польше, Румынии, Югославии. В Польше миссия выпускала в эфир еженедельные радиопрограммы под названием "Голос Евангелия из Варшавы". Из некоторых других стран миссия вела шесть еженедельных радиопередач на Советский Союз и делала все возможное для переправки Библий в СССР. С