К началу 20 века, по данным Большой Советской Энциклопедии, молокан насчитывалось 1,2 миллиона человек. Несколько ранее по инициативе А.С. Проханова (брата знаменитого деятеля евангельских христиан Ивана Степановича Проханова) было создано "Общество образованных молокан", целью которого было, судя по его Программе, "объединение образованного сектанства на почве научного мировоззрения, которое исключило бы всякие противоречия между религией и наукой и привело бы их во взаимную гармонию". После царского указа о веротерпимости в 1905 году молокане стали издавать свои журналы "Молоканский вестник", "Сектантский вестник", "Молоканин".
В эти годы молоканами было обнародовано "Вероучение", в котором, в частности, говорилось о Библии: "Библию, как святую книгу не должно запирать в книжный шкаф - она должна быть у каждого человека настольной книгой. Библия, как Слово Божие, должна занимать самое почетное место в доме и самое первое место в сердце человека".Сформировалось и учение молокан о спасении через добрые дела. Своеобразно толкуя смысл первородного греха, молокане говорили, что часть доброго осталось в человеке и ведет его к спасению. Выходец из молоканской семьи, видный деятель евангельского движения в России Яков Иванович Жидков писал впоследствии, что "молокане все свое благочестие и упование основывали на делании добрых дел"
Уже в первые годы советской власти в молоканстве было установлено членство в общинах, образован "Союз духовных христиан-молокан (Ф.А. Лаптев был избран председателем Союза, И.Я. Галкин - заместителем, Т.А. Гаврин - казначеем), с 1925 года один раз в два месяца стал выходить журнал "Вестник духовных христиан-молокан" (редактор Н.Ф. Кудинов).