Увы, после войны свободы для церкви не будет. Советская власть будет настойчиво вести свою линию непримиримой борьбы со всякой религией, лицемерно заявляя, что люди сами отходят от религии и покидают церкви. На самом деле совершенно очевидно, что как только возникал какой-то проблеск свободы для служения церкви, для проповеди Евангелия, большое количество людей приходили к Богу, приходили в церкви. Во время войны, таким образом, в 1942-1943 г.г. деятельность Союза ХЕВ до известной меры была восстановлена.
К зиме 1943/1944 года вся Левобережная Украина была освобождена от немецких войск. В 1944 году состоялся еще один съезд руководителей ХЕВ в Днепропетровске, куда к тому времени переселился с семьей Г.Г. Понурко. В 1944-1945 годах собрание верующих происходили в его доме по адресу: ул. Новокозловская, 12 (современный адрес - ул. Киевская, 38).
Медленно и постепенно, несмотря на ужасающе неблагоприятные обстоятельства, братство пятидесятников крепло, набирало силу. В союзе ХЕВ постепенно снова сложилась система служителей, были приобретены, приспособлены для богослужений или реконструированы молитвенные дома, однако в апреле 1945 года братство пятидесятников снова осталось без председателя. Гаврил Гаврилович Понурко снова был арестован и осужден. На этот раз его, как председателя Союза церквей, действовавшего во время оккупации, обвинили в сотрудничестве с немецкими властями.
Как вспоминал Г.А. Журавель, вскоре после того, как Г.Г. Понурко был арестован, Д.И. Пономарчук и Н.В. Кузьменко были приглашены в Москву, где к тому времени был создан Всесоюзный совет евангельских христиан и баптистов (ВСЕХиБ). В Москве руководителям пятидесятнического братства было предложено объединиться и влиться в этот союз. Разумеется, что за всем этим стояло жесткое давление Совета по делам религий, как на одну, так и на другую сторону, ибо ни те, ни другие не испытывали очень большого желания к такого рода объединению, поскольку вероученческая база не была одинаковой. И те и другие хорошо понимали, что такое объединение - это “брак ” не совсем по любви. Однако о “любви” в этом смысле их никто не спрашивал. Не то время было. Оставалось только одно - договариваться, исходя их естественного чувства сотрудничества и взаимной помощи между всеми христианами. В ходе продолжительных бесед были выработаны вероученческие и организационные положения об объединении союзов церквей, которые носили предварительный, подготовительный характер.