Вместе с тем, существенные разномыслия в религиозных взглядах не привели к возникновению у Толстого и Проханова духа взаимного отчуждения. 12 марта 1895 г. И. Проханов и члены Петербургской общины Евангельских христиан Г. Иваненко и А. Берников написали Толстому письмо с просьбой высказаться печатно о так называемых "сектантах". Как великий писатель-гуманист Лев Толстой проявлял глубокий интерес к жизни всех социально угнетённых групп России. Чувство сострадания заставило его взяться за перо и написать статью "Гонения на христиан в России в 1895 г.". Статья была посвящена гонениям на кавказских духоборов. Кроме этого, Господу было угодно, чтобы служение Проханова и Толстого пересеклось за несколько тысяч верст от Ясной Поляны. Этим местом оказался остров Кипр, где эпидемия уносила жизни многих людей, живших в бедственной обстановке. Как уже говорилось, нужен был самоотверженный человек с организаторскими способностями и знанием английского языка. Лев Толстой через своего сына Сергея Львовича обратился к Проханову с просьбой выехать на Кипр и помочь духоборцам. Проханов с честью выполнил эту просьбу Л.Н. Толстого.
Давая собственный анализ значения личности Л. Толстого для России того времени, И.С. Проханов впоследствии писал: "Для правильной оценки деятельности Льва
Николаевича Толстого необходимо составить догматическую сторону его учения, ибо в ней он, несомненно, ошибался и проповедовал еретический арианский взгляд на Христа и рационалистический взгляд на Священное Писание. Льва Тостого надо рассматривать как писателя и философа. В этой области он действительно сделал великое. Своими художественными произведениями "Война и мир", "Анна Каренина", "Воскресение", "Крейцерова соната" он занял место в ряду великих писателей всех народов и всех веков. Его "Исповедь", "Царство Божие внутри нас", "Так что же нам делать" прекрасно разъясняли нравственную сторону христианской жизни. Печальные крайности в его теориях не должны всё-таки затмить в наших глазах значение той доли истины, которую он с таким великим талантом защищал".