Впрочем, есть и другая версия о названии. В 19 веке один из руководителей духоборчества Петр Петрович Чистяков считал, что это бранная кличка, данная архиепископом православной церкви Амвросием и другими попами, и придумал другое название духоборцам - "члены духовных общин Христа".
Основателем духоборчества считается выходец из христововерия Силуан Колесников из-под Екатеринослава (сейчас - Днепропетровск), крестьянин по происхождению. Его благочестивый образ жизни, щедрость, природный дар говорить убедительно и просто, грамотность (нечастая в то время среди крестьян) привлекли людей к Колесникову. Вскоре дом Силуана Колесникова уже напоминал школу. А по воскресеньям, когда собиралось в его доме много людей, он публично излагал свои взгляды, проповедовал из Библии. Постепенно собрания по воскресеньям стали проходить регулярно, в духовный труд Силуана включились его сыновья Кирилл и Петр. Вскоре первые общины духоборцев возникли в Тамбовской, Воронежской, Харьковской, Таврической губерниях. Впоследствии духоборчество распространилось по всей Европейской России, проникло в Финляндию.
Вторым виднейшим деятелем духоборчества стал оптовый торговец шерстью из Тамбовщины Илларион Побирохин - вдумчивый, мужественный человек. Плененные его красноречием, его искренностью, люди называли его пророком.
Есть основания считать, что на формирование вероучения духоборов оказали заметное влияние идеи квакеров, которые каким-то образом стали уже проникать в Россию. Силуан Колесников любил обращаться к книге западного богослова Еккартгаузена "Ключ разумения". Илларион Побирохин обогатил учение духоборцев несколькими элементами анабаптизма в части упрощения обрядов венчаний и похорон (духоборцы создали свой образец этих обрядов) и в части настороженного отношения к государственной власти.