Деятельность Феодосия Косого скоро обратила на себя внимание властей, и его с единомышленниками потащили в Москву на суд. Однако во время следствия ему удалось бежать в Литву, где он нашел благоприятные условия для проповеди евангельского учения.
В том учении, которое они проповедовали были глубоко евангельские, утраченные церковью истины о том, что хлеб и вино в причастии - только символ тела и крови Господа, а церковь есть собрание верующих. Отвергали непререкаемый авторитет так называемых отцов церкви и писания "святых", произвольные постановления многих церковных съездов, Феодосий Косой выступил против беспощадной эксплуатации человека, против кровопролития и войн - за равенство всех народов. Он учил, что "все люди едино суть у Бога
- и татарови, и немцы, и прочие языцы". А вот, что говорилось этими протестантскими, по сути своей, деятелями в отношении поклонения мощам и святым угодникам: "...В ковчегах положиша мертвецов, назвали их преподобными, праведными и святыми; Божию честь на мертвых возложиша... И моляшся мертвым аки Богу, и просят у них помощи, написали жития их, нарисовали иконы, установили им каноны и пения, свечи перед ними зажигают, кадила приносят...".
Следует упомянуть также, что Феодосий Косой и Матвей Башкин отвергали также учение о Троице и утверждали, что "Бог един есть". Протестантское учение Феодосия и Матвея распространялось в Москве, Новгороде, Пскове, Твери, в Рязанщине, на Северной Двине, в Заволжье, на границе с Литвой
Незамедлительно следует ответная реакция православного духовенства. В эпоху Иоанна IV Васильевича (Грозного) (1530-1584 г.г.), который в 1547 году впервые в русской истории принял титул царя, по инициативе митрополита Макария состоялся ряд церковных соборов. Наиболее известный из них Стоглавый собор (по книге "Стоглав", содержащей некоторые из его определений, а не по числу особ, как это объясняется в советской литературе) состоялся в 1591 году.