Основная заслуга братьев Лихудов состояла в том, что они смогли подготовить себе смену и создать систему, способную обеспечить преемственность. Академия и после них продолжала существовать и выполнять стоявшие перед ней задачи. Кроме создания высших учебных заведений, братья Лихуды приняли активное участие в полемике с западными христианами, защищая основы восточного Православия, а также в исправлении славянского перевода Библии. Все направления их деятельности неразрывно связаны между собой и имеют одну общую цель — защиту чистоты Православия в России.
В 1755 году, через 15 лет после смерти последнего из двух братьев, было принято решение выделить богословский факультет Академии в отдельное учебное заведение, а самой Академии присвоить наименование Московского университета.
Академия оказала глубокое воздействие на всю духовную и культурную жизнь России того времени. Уже первые ее выпускники внесли значительный вклад в отечественное духовное просвещение. Среди них: великий ученый-энциклопедист Михаил Ломоносов, математик Леонтий Магницкий, первый русский доктор медицины Петр Постников, поэт и дипломат Антиох Кантемир, поэт Карион Истомин, архитектор Василий Баженов и многие другие.
Значение Московской Академии не ограничивается национальными масштабами. Она стала рассадником богословских знаний не только для Русской Православной Церкви, но и для других Поместных Церквей. Среди учеников Славяно-греко-латинской академии были греки, грузины, поляки, литовцы, выходцы из Македонии и Трансильвании. Можно сказать, что Академия оправдала надежды восточных патриархов и стала центром богословского образования общеправославного значения.