Окончив в 1870 году Академию, Вадковский остался в ней в качестве преподавателя. Он женился.
У него родились двое детей. Да и академическая карьера Александра складывалась весьма неплохо. Он защитил диссертацию, стал экстраординарным профессором, что соответствовало чину статского советника, возглавил солидный научный журнал «Православный собеседник». За всем этим стояли определенный общественный статус и материальное обеспечение. Однако вскоре на Александра обрушились несчастья. Через семь лет после счастливого брака умирает его жена, а еще через два года — оба ребенка. Спустя много лет друг митрополита Антония вспоминал, что «молодой и успешный ученый, которому едва исполнилось 36 лет, выдержал страшную катастрофу только благодаря вере.» Александр мог жениться и второй раз, но в своей беде он сумел различить голос Божий. Вадковский решает всецело посвятить себя церковному служению и подает прошение о монашестве. Его постриг с именем Антоний был воспринят всей академической профессурой как умопомешательство своего коллеги, ведь в то время в Казанской Духовной Академии монахом был только ректор.
Уже через год после пострига Антония переводят в столицу и назначают на должность инспектора петербургских духовных школ. А еще через год его рукополагают во епископа и назначают ректором столичной Академии. Владыка Антоний был не только блестящим педагогом, но и человеком редкой отзывчивости, благородства и такта. Он пользовался всеобщей любовью студентов, и влияние его на них было громадным. В Петербургской Духовной Академии он создал кружок студентов-проповед- ников, отправлявшихся «в народ». Члены кружка вели популярные богословские беседы в приходских церквах, общественных собраниях, приютах, ночлежках и тюрьмах.