Святитель Арсений, по воспоминанию современников, «характера был вспыльчивого, но твердого и настойчивого, строг к ученикам, а позже и к священникам». С воцарением Елизаветы Петровны его избирают сначала митрополитом Тобольским, а затем переводят в Ростов. Здесь митрополит Арсений становится известен как ревностный служитель Церкви и защитник ее прав. Он боролся с иноверием и расколом, ратовал за русские школы, не терпел нововведений, был ревностным проповедником. И все же главным делом всей своей жизни митрополит считал отстаивание независимости Церкви от государства. Когда его избрали постоянным членом Синода, он отказался дать присягу в том, что высшим судией признает императрицу. Арсений заявил: «Высший Судия есть и будет только Христос!» Это могло навлечь на митрополита царский гнев. Однако Елизавета высоко ценила святителя, и дело обошлось без последствий. Несколько раз владыка Арсений обращался с посланиями к императрице, призывая ее не посягать на земельные владения Церкви.
При воцарении Екатерины II митрополита Арсения не пригласили на коронование новой императрицы. Екатерина подозревала его в недоброжелательстве. «Она имела какой-то необъяснимый страх перед этим бескомпромиссным владыкой, — вспоминает один из современников этих событий, — и впоследствии боялась его даже больного и в узах». После образования Екатериной специальной комиссии по подготовке разорительного для Церкви указа митрополит Арсений дважды обращался в Синод с угрозами отлучить от Церкви членов комиссии. Царское правительство владыка Арсений сравнивал с нашествием монголо-татар, подчеркивая, что даже те не вмешивались в дела Православной Церкви. После принятия указа он подавал в Синод протест за протестом, просил вернуть вотчины монастырям, предавая анафеме обидчиков Церкви.