— Ваше Величество, в начатой жизни для Бога и спасения моей души желаю пребыть до конца, а прежней жизни и чина не желаю, — ответил Иван.
— Для чего же ты тогда не спросясь ушел из полка? К такому деланию и от нас ты мог быть отпущен.
— Если бы тогда просил я об этом, Ваше Величество, то не поверили бы Вы мне, молодому и не испытавшему всей трудности монашеского жития. Теперь же, после убогого моего искуса, утруждаю Ваше Величество просьбой — дайте мне умереть монахом.
Видя такую решимость Ушакова, императрица спросила Ивана, где бы желал он подвизаться.
— В Саровской пустыни, Ваше Величество.
Не до конца веря такому твердому устремлению молодого человека, Елизавета Петровна решила оставить его в Александро-Невской Лавре Санкт-Петербурга. Через три года Ивана постригли в монахи с именем Феодор. На постриге присутствовала сама императрица. Она часто приезжала к Ушакову и была к нему по-матерински милостива и внимательна. Уважая его подлинное благочестие, государыня, а за ней и весь двор, любила при случае повторять: «В Александре-Невском монастыре я знаю только одного монаха — это Ушаков».
К нему началось паломничество. Все это вызывало зависть у недоброжелателей. Более десяти лет Феодор прожил в Лавре, и все это время на него сыпались доносы и клевета. Ушаков же с завидной настойчивостью просился в Саровский монастырь. Императрица, не веря наговорам, не хотела отпускать от себя «настоящего монаха», но, в конце концов, согласилась. Ушаков уехал сначала в Саров, а затем и еще дальше — в Санаксарскую пустынь. Но неправедные обвинения не прекратились. Уйдя из-под покровительства государыни, Ушаков стал уязвим. В итоге его оклеветали и отправили в монастырскую тюрьму на Соловки. Около десяти лет монах Феодор терпел безвинные узы.