Будучи в Новгороде, Никон еще более расположил к себе государя тем, что единолично подавил мятеж. Новгородцы взбунтовались против несправедливого царского воеводы, желая его убить. Однако Никон укрыл его в своем доме. Тогда мятежники избили до полусмерти самого митрополита, оставив его лежать на площади. С большим трудом Никон добрался до храма, где велел отслужить литургию. Причастившись, он бесстрашно пришел прямо в избу к заговорщикам. Те, пораженные твердостью Никона, пали к его ногам. Митрополит же не только простил их, но и просил для них пощады у царя. Благоразумная кротость в наказании окончательно смирила непокорных.
В 1652 году после смерти патриарха Иосифа следующим патриархом был избран Никон. Он долго не соглашался принять патриаршество. Тогда Алексей Михайлович, со слов очевидца, «упал в ноги Никону и умолял принять в свое ведение Русскую Церковь. Потрясенный и растроганный до слез Никон согласился».
В первые пять лет правления Никона связывала с царем самая тесная дружба. Алексей Михайлович восстановил патриарху титул Великого государя, который по праву царского отца носил в свое время только патриарх Филарет. Так же как и при Филарете, без доклада патриарху не решалось ни одно государственное дело. Патриарх был сподвижником царя в деле воссоединения Украины с Россией, по его совету были начаты военные действия с поляками и шведами. Одаренный и энергичный деятель, он также вел переписку с иностранными дворами. Уезжая из Москвы в походы, Алексей Михайлович оставлял Боярскую думу под контролем Никона. Это не могло нравиться боярскому окружению. Против патриарха зрел заговор, задачей которого было рассорить его с царем. «Зачем вы отдаляете от меня доброго царя?» — спросил Никон одного из главных заговорщиков. «А ты зачем, — ответил тот с грубостью, — присвоил себе титул Великого государя и отнимаешь у царя всю власть, да и нас ни во что не ставишь?»