После издания императорского указа епархиальные школы стали быстро расти. Первые школы появляются в Петербурге и в Нижнем Новгороде. Затем в Харькове, Твери, Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, Рязани, Вологде и Пскове. В течение первых пяти лет школы были открыты почти во всех епархиях Русской Церкви. Причем в школы принимались уже грамотные мальчики, получившие начальное образование у себя дома или в цифирных школах, организованных при храмах и монастырях для детей всех сословий.
В некоторых духовных школах, где начальство не очень заботилось о быте учащихся, количество учеников было незначительным. Средства семинаристам отпускались скудно и нерегулярно, общежития были тесными и холодными, не хватало дров для их отопления. Учителям выдавались нищенские жалованья, а учащиеся добывали себе пропитание уроками, перепиской бумаг, а то и подаянием. Некоторые из них даже находились «в бегах», прячась от необустроенности и нищеты по родственникам и знакомым. Самыми же многочисленными и устроенными были новгородские школы, в которых обучалось свыше 1000 человек.
Все духовные школы представляли собой закрытые учебные заведения, подобно военным «корпусам». Для воспитанников вводились строгие правила внутреннего распорядка. Общежития при них назывались «семинариями». Впоследствии этим словом стали называть и сами духовные школы. Свидания с родными дозволялись семинаристам крайне редко. Ректор, инспектор, наставники и учителя обязаны были жить вместе с воспитанниками. Школьная дисциплина была весьма суровой. За нарушения распорядка и другие провинности секли розгами не только семинаристов, но даже их наставников.