Согласно протестантскому церковному устройству, все церкви, находящиеся на территории какого- либо государства, в высшем своем управлении зависят от главы этого государства. Такое устроение целиком совпадало с идеями церковного преобразования Петра. Он хотел, чтобы государь без чьих-либо нареканий смог не только вмешиваться в дела Церкви, но и управлять ею.
Однако прошло около двадцати лет, прежде чем Петр воплотил свои идеи в жизнь. Для их реализации ему необходим был единомышленник в церковной среде. И такой человек нашелся. Это был киевский архимандрит Феофан (Прокопович). Процесс рождения церковной реформы протекал в полном секрете от Церкви и ее иерархии.
Все настойчивые просьбы высшего духовенства об избрании патриарха Петр отвергал. Однажды после очередного такого прошения он в ярости выхватил кортик, висевший у него на поясе, и с криком: «Вот вам патриарх!» — так рубанул им по столу, что тот разлетелся в щепки. Впервые Петр упомянул о грядущей реформе лишь в 1718 году, отвечая на очередную жалобу патриаршего местоблюстителя и упрекая его в беспомощности. Царь заявил, что «впредь для лучшего мнится быть духовной коллегии, дабы удобнее было и возможно исправлять такие великие дела, как церковное управление». В это же время он поручил Феофану, ставшему уже псковским епископом, написать проект этой коллегии и слово в ее защиту.
Через некоторое время Петр посетил Александ- ро-Невскую Лавру, где жил Феофан, и, вспомнив о порученном им задании, спросил его: «Скажи-ка, скоро ли поспеет наш патриарх?» Феофан в том же шутливом тоне ответил: «Я уже дошиваю ему рясу!» На это Петр весело добавил: «А у меня и шапка для него готова!» — указав рукой на самого себя. Вскоре Феофан предоставил Петру сочинение — «Духовный регламент», где провозглашалось учреждение Духовной коллегии вместо единоличной власти патриарха. Феофан не стал скрывать причины замены патриаршества Духовной коллегией. Он открыто высказал их в «Духовном регламенте»: «Дабы у простого народа не возникал соблазн видеть в патриархе некое второе лицо в государстве, почти равное первому, а то и превосходящее его.»