Швейцарские реформаторы были настроены решительнее немецких соседей. Они целиком отказались от церковных Таинств и духовенства. Оба пытались создать в отдельно взятом городе теократическое христианское государство, все законы которого строились бы на основе их представления о евангельском царстве. Оба реформатора отличались суровой дисциплиной и крайним нетерпением к чужим мнениям в вопросах веры. Жестоко и беспощадно они преследовали своих идейных противников, даже из числа протестантов. И казни их порой были более страшны и массовы, чем у римской инквизиции. Недовольные такой необоснованной диктатурой реформаторов обвиняли их в чрезмерной жажде власти. Кальвина прозвали даже «женевским папой». Но это не мешало им воплощать в жизнь свои идеи.
Женеве и Цюриху они дают суровый дисциплинарный устав, регламентирующий духовную жизнь горожан. За нарушение устава полагались строгие наказания вплоть до смертной казни. Кальвин требовал от прихожан, чтобы они вели жизнь строгую, трезвую и экономную, говоря: «Коль скоро человек испорчен грехом, его необходимо держать в строгой узде». Первым он надел эту узду на себя. Были запрещены любые увеселительные зрелища и заведения. Смертная казнь полагалась за богохульство, к которому приравнивались также непочтение к родителям, супружеские измены, карточная игра и танцы. Богохульством считалось и непосещение богослужений. Наказание было предписано даже человеку, заснувшему во время проповеди. Цвингли ко всему прочему привлекал к ответственности также за бранные слова и сквернословие. Такая суровая дисциплина и жестокие наказания за провинности создали из Женевы и Цюриха островки высокой нравственности. Один современник этих событий, посетивший Женеву, писал: «Внешне этот город казался раем. Он наполнен добродетелями, как корзина цветами. Повсюду царят чистота, порядок, приветливость, благочестие, тишина и духовная радость. Но сколько за это положено человеческих жизней.» Последователи швейцарских реформаторов после смерти Цвингли объединились в одно течение. Их стали называть «кальвинистами», во Франции же они вошли в историю под названием «гугенотов».