Провозглашение Брестской унии, совершенное в обстановке насилия и лжи, открыло двери правительственным гонениям. Отныне православные приравнивались к государственным преступникам. Однако, несмотря на то что высшее духовенство перешло к Риму, на защиту Православия встали миряне, объединившиеся в братства. Литовская конфедерация братств составила документ, в котором описывала состояние православного населения: «Насилия умножаются особенно со стороны духовенства и некоторых светских лиц римского исповедания. Наши церкви, монастыри, соборы разорены и опустошены. с грабежом и кровопролитием, с неслыханными ругательствами над живыми и мертвыми. Священники наши не могут крестить младенцев, исповедовать умирающих, отпевать мертвых; тела православных христиан вывозят, как падаль, в поле. закон не блюдет нас...»
Но и православные братства были объявлены мятежными сходками, с которыми необходимо вести борьбу. Иезуиты праздновали победу, но такие преследования только ожесточили православных и привели к еще большему размежеванию двух христианских традиций — западной и восточной.
М.В. Первушин
Установление патриаршества в Русской Церкви
После захвата Константинополя и падения Византии в XIV веке Восточные Церкви оказались в полной зависимости от турецких султанов. С этого времени Россия осталась единственным в мире независимым православным государством. Все христиане Востока смотрели на Русское царство и Русскую Церковь как на главных защитников Православия и искали в них помощи и утешения в своих бедах. Такое возвышение роли русского митрополита завершилось в конце
XVI века учреждением на Руси патриаршества.