Святитель Филипп происходил из знатного боярского рода Колычевых, приближенных ко двору великого князя. В 1537 году, когда малолетний Иван остался сиротой, боярские партии развернули активную борьбу за власть. Дворцовые усобицы и трагическая смерть близких людей заставили будущего святителя по-иному взглянуть на жизнь. Он тайно покидает дворец и уходит на Соловки — в самый далекий северный монастырь. Здесь он принимает постриг, скрыв от настоятеля свое боярское происхождение. В течение десяти лет простым иноком Филипп несет различные послушания. Он пасет овец, работает на пекарне, рубит дрова и убирает навоз. Искреннее благочестие и самоотверженный труд Филиппа заметил игумен и, умирая, избрал его себе в преемники. Смиренно приняв игуменский сан, Филипп развернул на острове кипучую деятельность. Его по праву называют вторым основателем монастыря. За 18 лет игуменства Филипп преобразил весь Соловецкий архипелаг. Он построил сеть дорог, осушил болота, вырыл более ста озер, соединив их между собой каналами и плотинами. Его гидротехнические сооружения до сих пор вызывают изумление у современных инженеров. Игумен Филипп построил на острове кирпичный завод, и вскоре все деревянные постройки монастыря были заменены на каменные. Он организовал большой скотный двор и молочное хозяйство. Он запустил на остров стада северных оленей и завел мастерские для выделки меха.
Филипп несколько раз приезжал в Москву для участия в церковных Соборах и по нуждам монастыря. Он сам и его деятельность не могли остаться не замеченными царем. В 1566 году Иван Грозный прислал Филиппу грамоту с приглашением в Москву для «духовного совета». Царь хотел найти в Филиппе верного сподвижника, духовника и советника. Известный своей святой жизнью соловецкий игумен, по мнению Грозного, должен был укротить нечестие и злобу Боярской думы. В лице Филиппа Иван видел нового первосвятителя Русской Церкви. Узнав о намерении царя, Филипп принял решение отказаться. Но Собор русских иерархов уговаривает Филиппа, и он также смиренно, как когда-то принял игуменство, принимает в управление Русской Церковью. Условие Филиппа уничтожить опричнину царь не принял. Он постарался доказать новому митрополиту ее необходимость и договорился с ним, что Филипп не будет вмешиваться в дела государственного управления.