Около года Филарет находился в лагере мятежников. И только благодаря наступлению московского войска его удалось освободить и привезти в столицу. Однако здесь он задержался ненадолго. Боярство решило избрать на царство польского королевича. Для переговоров с королем было направлено «великое посольство», главой которого патриарх Ермоген назначил митрополита Филарета. Провожая послов, патриарх горячо просил их беречь веру. «Лучше умереть за Православие, нежели учинить что-либо постыдное!» — отвечал Филарет. По воспоминаниям современника, «Ермоген никак не мог проститься с любезными ему людьми. Вот уже скрылись вдали последние обозы, а он все стоял, едва шевеля губами и произнося: “Бог с вами!”, словно предчувствуя беду». И она не замедлила явиться. Русское посольство вопреки всем принятым правилам было арестовано, ограблено и увезено в глубь Польши, где его продержали в плену 8 лет.
По окончании войны поляки, имея у себя в плену «царева родителя», надеялись на большие уступки от русских. Но доблестный Филарет писал своему сыну: «Не вздумай ради меня уступить полякам хоть пядь русской земли!» Митрополит Филарет вместе с другими пленниками вернулся в Россию лишь после заключения мира с Польшей.
По воцарении Михаила Федоровича все привыкли к мысли, что никто другой не может быть патриархом рядом с молодым царем, кроме его отца — митрополита Филарета. Поэтому сразу после возвращения из плена он против своей воли был избран и поставлен в патриархи. Участие в этом торжестве принимал Иерусалимский Патриарх Феофан, приехавший в Москву за милостыней.
Современники отдают справедливость уму и делам избранного патриарха, который «не только слово Божие исправлял, но и земскими делами всеми правил. Властен был так, что и сам царь боялся его. До духовного же чина милостив был и не сребролюбив. Всякими царскими и ратными делами владел». Патриарх был не только советником, но и соправителем царя. Имя его в грамотах писалось в одном ряду с царским, обоим делались доклады и представлялись иностранные послы. При Филарете усилилось и значение Церкви. Россия вновь стала оплотом Православия для единоверных с ней держав. И первой из них обратилась за помощью разоренная персидским ханом Грузия. Кахетинский царь писал к царю Михаилу: «Лучше бы я не родился на свет, нежели видеть, что православная христианская вера и земля Иверская разорены». Он умолял помочь Грузии, в результате чего ее часть приняла российское подданство, а в саму страну по указу патриарха были направлены священники и иконописцы.