Временем окончания Смуты в Российском государстве принято считать 1613 год. В этом году представители всех русских земель избрали на Соборе нового царя — шестнадцатилетнего Михаила Федоровича Романова. В земской соборной грамоте было подчеркнуто, что его пожелали на царство «все православные христиане всего Московского государства».
Отцом молодого царя был Федор Никитич Романов видный государственный деятель и один из первых царских советчиков. Борис Годунов, захватив царскую власть, боялся, что этот влиятельный боярин сам пожелает предъявить права на русский престол, как ближайший родственник умершего самодержца. Поэтому Борис подверг опале весь род Романовых. Федор был насильно пострижен в монахи и сослан на Север. Там, как вспоминает очевидец этих событий, «ничего так не беспокоило опального боярина, как неизвестность о своей семье. И если он заговаривал с кем, то только о жене и детках: “Как вспомянешь их, так точно рогатиной в сердце толкнет. Прибрал бы их Господь к Себе, избавил бы от лютых страданий, я тому обрадовался бы и стал помышлять лишь об одной своей душе!”». Но до конца этому желанию Федора не суждено было сбыться. Из шести его детей выжил только один. Именно он — «новый царь Михаил, — как пишет о нем летописец, — излюбленный всею землею, стал залогом успокоения Церкви и государства».
Сам же Феодор Никитич, ставший в монашестве Филаретом, своей неправедной опалой завоевал себе симпатии простого народа, как незаслуженно униженный, оскорбленный, но с достоинством переносящий свое изгнание. Уже при Лжедмитрии I Филарета возвратили из ссылки и поставили митрополитом на Ростовскую кафедру. И здесь, облеченный саном архиерея, Филарет проявил себя как достойный государственный муж. При польской интервенции Филарет доблестно противостоял захватчикам. Он собственноручно помогал переписывать и рассылать воззвания патриарха Ермогена, призывающие к всенародному ополчению. Когда же к Ростову подступили польские войска и многие жители бежали, Филарет героически возглавил оборону города, показав пример твердости духа и пастырской любви. Он заявил: «Если придется, то многие муки претерплю, но дома Ростовских чудотворцев не оставлю!» Лишь предательство открыло полякам ворота Ростова Великого. Митрополита Филарета схватили и, насмехаясь, босого, в изодранном польском платье и татарской шапке отвезли в лагерь самозванца. Патриарх Ермоген высоко ценил преданность ростовского владыки и, оправдывая его страдания в плену, писал: «Тех, которые взяты в плен, как Филарет, не своею волею, но чужою, таковых мы не порицаем, но молим о них Бога... они мученики Господни.»