Насира стала ослабевать и противники Ибн Теймии стали подвергать его ожесточенным нападкам.
После этого, в 705/1309 году, Ибн Теймия переехал в Египет. Там он еще более развил свое учение. Спустя некоторое время ему довелось участвовать в одном собрании, где присутствовали высокопоставленные люди. Он хотел выступить перед ними, но, зная силу его аргументации и большие познания, его противники не дали ему возможности говорить и сразу же перешли к обвинениям в его адрес. Маликитский кади Зайн ад-Дин ибн Махлуф приговорил Ибн Теймию к тюремному заключению. Этот кади и раньше выносил необъективные и поспешные приговоры в отношении других лиц. Ибн Теймия пытался опротестовать это решение, так как кади действительно не имел для этого никаких оснований. Но он ничего не добился и в 705/1309 году был брошен в темницу, где подвергался пыткам и унижениям. В это же время в Египте начались преследования ханбалитов.
В 707/1311 году Ибн Теймия был освобожден и продолжил преподавательскую деятельность. Постепенно он обрел большую популярность. Причем, он наладил хорошие отношения с кадиями и вообще всеми суннитами из других мазхабов.
Но, в этом же году, он снова подвергся преследованиям властей, которые были устроены суфиями, которые в то время усилились в Египте. Некоторые из них были носителями идей, которые вступали в противоречие с положениями ортодоксального Ислама. Ибн Теймия вступил в борьбу с ними. После многочисленных диспутов этот конфликт дошел до властей, которые предложили ему либо уехать в Александрию, либо в Дамаск. Но, в этом случае, ему запретили бы защищать свои убеждения. Это было невозможным для такого человека как Ибн Теймия. Он отказался уезжать и предпочел ссылке арест. Однако его ученики отговорили его от этого шага и уговорили уехать в Дамаск.