И голос патриарха был скоро услышан. В стране началось широкое патриотическое движение. Русские города вступили между собой в переписку, договорившись общими усилиями собрать народное ополчение. Исходным пунктом и центром движения стал Нижний Новгород. Это встревожило поляков и их сторонников. А когда стотысячное ополчение двинулось к Москве, поляки потребовали от Ермогена, чтобы он приказал ополчению разойтись: «Ты — первый зачинщик измены и всего возмущения. По твоему письму ратные люди идут к Москве!.. Отпиши им теперь, чтобы они отошли, а то мы велим уморить тебя злою смертью». «Что вы мне угрожаете? — ответил патриарх. — Одного Бога я боюсь. Уйдете вы все, польские люди, из Московского государства, тогда и я благословлю всех отойти прочь. А если вы останетесь, — мое благословение: всем стоять и умереть за православную веру!» Поляки заточили Ермогена в подземелье Чудова монастыря и стали морить голодом, бросая ему нечеловеческую пищу: сноп сена и немного воды.
В своей последней грамоте, которую патриарх сумел передать на волю, он посылал всем восставшим за Родину свое благословение: «Ничего не щадите для спасения Отечества! Везде говорите моим именем!»
Этим посланием Ермоген ободрил народное ополчение и вселил веру в скорую победу над иноземными захватчиками. Русская земля теперь никого не хотела слушать, кроме своего первосвятителя.
4 ноября 1612 года народное ополчение под предводительством нижегородского купца Космы Минина и князя Дмитрия Пожарского штурмом взяло Москву. Одетое в шлемы и латы польское войско сдалось на милость лапотным русским мужикам, вооруженным чем попало. День штурма стал народным праздником. Православная Церковь в память избавления Москвы и России от поляков установила в этот день празднование Казанской иконе Пресвятой Богородицы, под знаменем которой проходило освободительное движение.