Лойола родился в 1491 году. Он происходил из древнего испанского рода и уже с 14 лет служил при дворе испанского короля. Впоследствии, рассказывая о своей молодости, Игнатий так описывал себя в тот период: «Падкий на успех у женщин, придирчивый в вопросах чести, дешево ценивший как свою жизнь, так и других, я предавался бесконечной роскоши.» Достигнув совершеннолетия, Лойола предпочел придворной жизни рыцарские подвиги. На военной службе он проявлял чудеса храбрости и пользовался славой блестящего офицера. Но вскоре ему пришлось отказаться как от военной карьеры, так и от придворной жизни.
В одном из сражений 30-летнего Лойолу тяжело ранило в обе ноги. В течение двух лет он пролежал в постели в своем родовом замке, но до конца излечиться ему так и не удалось. Изуродованный, забытый своими друзьями и поклонницами, Игнатий был в отчаянии. Чтобы хоть как-то отвлечься от болезни, он стал перечитывать семейную библиотеку. Ему в руки попалось несколько книг с житиями святых. Эти-то книги и преобразили Игнатия. Он обнаружил в них героизм не меньший, чем в рыцарских романах. Перечитывая еще и еще раз рассказы о подвигах веры, он начал мечтать не о лаврах воина, а о славе праведника.
Едва оправившись от болезни, Игнатий пешком ушел из родительского дома. Его не могло остановить даже то, что в результате ранения одна нога стала короче другой и он на всю жизнь остался хромым. Лойола начал вести скитальческую жизнь, полную самоотречения и унижения. Конечной его целью была Святая Земля. Там он хотел умереть, посвятив остаток жизни обращению неверных. Однако, достигнув Иерусалима, он очень скоро убедился, что для успеха проповеди необходимы знания, и ему пришлось вернуться в Европу. Лойола принялся с ревностью изучать латынь. В 33 года он стал посещать занятия в начальной школе. Над ним смеялись, называли сумасшедшим, но он не сдавался. Уже через два года он стал слушателем университета, а еще через пять — получил докторскую степень.