Однако она не сразу открыла свои намерения по отношению к Церкви. Через две недели по ее воцарении Сенат издал указ, отменявший распоряжение
Петра III об изъятии земельных владений, принадлежавших епархиям, храмам и монастырям Русской Церкви. Но радость духовенства по этому поводу оказалась преждевременной. Через три недели после этого указа вышел другой, в котором объявлялось об образовании специальной комиссии для рассмотрения вопроса о церковных вотчинах. Результатом ее работы стал знаменитый манифест о церковных владениях, изданный 26 февраля 1764 года. Он окончательно упразднял церковное землевладение в России. Все церковные вотчины переходили в ведение государства.
Изъятие земель нанесло неизмеримый урон православным монастырям. Передача земельных владений в государственную казну лишила монастыри материального источника существования. Однако, помимо материальной стороны, здесь был и нравственный аспект. Монастыри созидались народным усердием многих поколений и трудами монахов. Кроме того, часть земель монастыри получали от жертвователей по завещаниям на помин души. И в данном случае нарушалась последняя воля умерших.
«Все конфискованные вотчины должны идти на государственные нужды» — гласил указ. Однако большую часть монастырских земель Екатерина раздала своим фаворитам. В результате действий правительства из 964 монастырей осталось только 200. Остальные были либо закрыты, либо оставлены без средств к существованию. Новые же обители открывать запрещалось.
Первым открытым противником изъятия церковных земель стал митрополит Ростовский Арсений (Мациевич). Он родился в 1697 году в Польше. Его отец был православным священником. Пойдя по стопам отца, Арсений окончил духовную семинарию, а затем знаменитую Киево-Могилянскую академию — одно из лучших учебных заведений того времени. Приняв монашеский постриг, Арсений отправляется священником в Камчатскую экспедицию под руководством Витуса Беринга. Затем он становится законоучителем академической гимназии в Петербурге.