Торквемада получил огромную власть на всей территории Испании.
Как же он ею распорядился?
Расписав королеве Изабелле, какой вред обществу наносят еретики и крещеные евреи, Торквемада заставил ее не просто возродить инквизицию, а ввести по всей Испании чрезвычайные трибуналы. Эти судилища имели право практически безо всякого следствия сжечь любого подозреваемого на костре, добившись его признания в ереси под страшными пытками. Трибуналы конфисковывали имущество не только осужденных, но даже просто заподозренных в ереси граждан. По приказу Торквемады на кострах инквизиции было сожжено более 10 тысяч человек, сотни тысяч брошены в темницы. Львиная доля казненных и замученных инквизицией испанцев не имели никакого отношения ни к ереси, ни к еретикам. Это были жертвы доносов, сведения счетов и жажды обогащения. Множество людей спешили стать шпионами инквизиции, чтобы спастись от обвинения в ереси, а некоторые — чтобы получить долю от конфискованного имущества так называемых еретиков. Дошло до того, что господа боялись своих слуг, а родители — детей. Во время дружеского общения люди мучились вопросом: а не донесет ли на меня мой лучший друг?
Папа римский Сикст IV, который утвердил Фому Торквемаду в звании Великого инквизитора, очень скоро пожалел об этом. В Ватикан потоком шли жалобы из Испании на несправедливые зверства инквизиторов. Неоднократно после этого папа предпринимал попытки сместить Торквемаду с поста Великого инквизитора, но Изабелла и Фердинанд всякий раз вступались за своего благодетеля. Даже когда папа пригрозил всей Испании отлучением от церкви, если массовые пытки и казни не прекратятся, король и королева игнорировали эту страшную угрозу. Они объявили папе, что в таком случае Испанская Церковь вообще не будет подчиняться Ватикану.