Перед отъездом в Японию в 1860 году Иван был пострижен в монахи с именем Николай и рукоположен в сан священника. Только через год после этого, проехав через всю Россию, молодой иеромонах Николай добрался до места своего назначения. Но сразу приступить к проповеди Евангелия было невозможно. Закон о запрещении чужых религий, действовавший в Японии уже более двухсот лет, был крайне строг, неповиновение ему каралось смертью. Поэтому на первых порах деятельность молодого миссионера ограничилась церковными службами для консульских служащих и моряков российского флота. Николай верил, что Бог даст ему возможность миссии, и тщательно готовился к этому. «Я старался сначала со всею скрупулезностью изучить японскую историю, — пишет святитель, — религию и дух японского народа, чтобы узнать, в какой мере осуществимы надежды на просвещение страны евангельской проповедью... » И первым обращенным им к христианству японцем оказался потенциальный убийца.
Часто посещая дом русского консула, отец Николай не раз сталкивался в коридорах с суровым и надменным японцем, который преподавал сыну консула искусство фехтования. Это был Савабэ — жрец синтоистского храма, самурай, знаменитый мастер боя на мечах. Он состоял в тайной организации, ставившей целью истребить в Японии всех иноземцев. Однажды самурай не смог сдержать своего гнева и заявил при встрече священнику: «Вас, иностранцев, нужно всех перебить. Ты же со своей проповедью более всех вредишь Японии». Николай на гневную тираду японца спокойно ответил: «А разве справедливо хулить то, чего не знаешь? Выслушай сначала меня, а потом и суди. Если мое учение будет худо, тогда я и сам уйду». Самурай нехотя, но согласился слушать. Сначала он прерывал миссионера, злословил и смеялся, но постепенно начал все глубже задумываться, а потом и сам попросил о новой встрече для продолжения беседы. После нескольких таких бесед перед изумленным японцем открылась истина христианства. Об этом первом своем ученике отец Николай писал: «Ходит ко мне один жрец древней религии изучать нашу веру. Если он не охладеет или не погибнет от смертной казни за принятие христианства, то от него можно ждать многого...» И надежды Николая оправдались. Самурай крестился. За это он подвергся преследованиям: дом его был сожжен, самого бросили в подземную тюрьму. Но, выдержав все испытания, он не ослабел в вере и впоследствии стал первым православным священником-японцем.