В своих трудах владыка Феофан был неутомим. Он практически ежедневно служит, столько же проповедует, путешествует в целях личного знакомства с паствой, заботится о духовных учебных заведениях, создает церковно-приходские школы, строит или ремонтирует храмы, открывает епархиальные печатные издания, оставляя себе для сна, по свидетельству биографа, в сутки лишь часа три-четыре. Таким вниманием к нуждам паствы он снискал всеобщую любовь. К тому же при личном общении всех поражали его мягкосердечие, кротость и миролюбие. «Даже если ему, как начальнику, необходимо было наказать кого-то выговором, — вспоминал один из современников владыки Феофана, — то он поручал это сделать ключарю собора, как бы боясь нарушить тот закон любви, которым руководствовался владыка в своей жизни и пастырской деятельности».
Став епископом, святитель Феофан не перестал искать уединения и полного отречения от житейских забот. «Я ищу покоя, — писал епископ Феофан председателю Святейшего Синода, — чтобы предаться занятиям желаемым, с тем непременным намерением, чтобы был и плод трудов, полезный и нужный для Церкви Божией. Имею в мысли служить Церкви Божией, только иным образом служить». На этот раз его прошение было удовлетворено. Его уволили на покой с пребыванием в Вышенской пустыни Тамбовской епархии. «Здесь, в Выше, я почувствовал себя по-настоящему счастливым, — писал святитель, — Выши моей не променяю не только на Санкт-Петербургскую митрополию, но и на патриаршество, если бы его восстановили у нас и меня назначили бы на него. Вышу можно променять только на Царствие Небесное».
Долгожданное уединение наконец пришло. Шесть лет святитель жил в монастыре как простой инок, выполняя наравне со всеми монашеские послушания. После этого он затворяется в своей келье, прекратив всякое общение с людьми, за исключением своего духовника, которому он исповедовался. Все, кто желал общения со святителем, могли общаться с ним только письменно. Так, не нарушая своего затвора, Феофан не отказывал никому в духовном наставлении. Он обладал редким даром просто, ясно, лаконично говорить о самых сложных предметах, ежедневно отправляя около сорока ответных писем. Феофан изобразил идеал истинно христианской жизни и пути, ведущие к его достижению. «Мы имеем полное право, — пишет биограф владыки, — назвать его великим христианским философом». Двадцать с лишним лет продолжалась затворническая деятельность святителя. Скончался он, не выходя из затвора, в 1894 году в возрасте 80 лет.