Адриан в первые же годы своего патриаршества настолько грамотно произвел перемены в патриарших приказах, что результатом этой деятельности стало процветание патриарших вотчин, которые ежегодно приносили немалый доход в церковную копилку. «Одно побуждение руководит мною в этой перестройке, — писал сам патриарх, — управлять людьми своими правильно!» Многие крестьяне просились жить и работать на церковных землях. Это резко контрастировало с хозяйственной разрухой и пустой казной в государстве.
В годы своего патриаршества особые усилия Адриан направил против проникающего влияния Запада во все стороны русской жизни. Он стремился воздействовать на свою паству исключительно словом, без всякого внешнего давления. Такому подходу способствовала его истинно монашеская настроенность души, обращенность к внутреннему человеку, стремление пробудить его совесть. Меткое слово патриарха задевало и юного царя. Лишь однажды патриарх лично обратился с укором к самому Петру. Встретив во дворце Петра в иноземной одежде, Адриан сделал вид, что не замечает его. Тот дважды поздоровался с патриархом, а на третий стал упрекать Адриана в непочтении к царской власти. Патриарх, удивившись, сказал: «А я-то думал, что это за немчин крутится в царских покоях!» — и упрекнул Петра за смену традиционного платья. Петр вспыхнул и резко ответил патриарху: «Ты, вместо того чтобы заботиться о портных, пекись лучше о делах Церкви!»
Отношения царя и патриарха обострились после отказа Адриана насильно постричь в монашество супругу Петра Евдокию. Вскоре после этого Петр устранил Адриана от участия в государственных делах, несмотря на существовавший тогда обычай согласования царских решений с патриархом. С этого же времени царь начал вмешиваться в церковные дела, совершенно игнорируя патриарха. Петр поучал духовенство, как оно должно вести себя и как отправлять службы. На церковное имущество он смотрел как на государственное, и все доходы и расходы Церкви были взяты Петром под строгий контроль. Для обеспечения строительства флота царь обложил епархии особыми сборами. Эти действия привели к полному упадку церковного и монастырского хозяйства.