Любовь Порфирия к христианам Востока была взаимной. Так, подъезжая к Иерусалиму уже в качестве главы Русской миссии, первое, что он увидел, была толпа встречающих. Казалось, все местное духовенство во главе с представителем Иерусалимского патриарха, все русские паломники и множество простого народа вышли навстречу посланнику Русской Церкви. Все их надежды на улучшение жизни были связаны с Русской миссией, и Порфирий «не только оправдал, но даже превзошел все ожидания». Благодаря ему были открыты несколько греко-арабских училищ, духовная семинария для образования сельских священников. Причем попечителем всех патриарших учебных заведений стал начальник Русской миссии. По инициативе Порфирия была открыта типография для издания книг как на греческом, так и на арабском языках для православных арабов, которая имела огромное значение в деле просвещения арабского населения Святой Земли.
Начавшаяся в 1853 году Крымская война, в которую вступила и Россия за интересы Православия на Ближнем Востоке, вынудила Порфирия вернуться в Петербург. В первые годы по возвращении из Иерусалима он плодотворно работает над научными трудами, обобщающими его богатейший опыт исследований христианского Востока. Многие труды самого епископа до сих пор остаются неизданными. «Едва ли когда увидит свет все то, что собрал он в книжных сокровищницах Востока, — пишет о нем один известный историк, — можно только удивляться, каким образом один человек, без всяких помощников, со скудными материальными средствами успел столько поработать». Его рукописные и печатные труды поражают широтой кругозора и энциклопедическим обилием сообщений и изысканий. В то же время Порфирий был искренним и правдивым человеком. Он не терпел неправду, смело выступая с ее обличением, что доставило ему много неприятностей.