К 30-м годам XVIII столетия в духовных школах был введен полный латинский курс по образцу Киевской Академии. Школы, сумевшие внедрить такой курс, получали название семинарий, остальные стали считаться более низкими по уровню духовными училищами. Все преподавание велось на латинском языке. Учеников в процессе обучения заставляли не только писать и говорить на этом языке, но и общаться только на нем вне аудиторий. Для контроля над этим, особенно среди учеников низших классов, были изобретены длинные листы, вложенные в футляр. Так, сказавшему что-нибудь «не по-латине» давался этот лист, в который вписывалось имя провинившегося. Ученик носил этот лист до тех пор, пока сам не ловил следующего проговорившегося «не по-латине» нарушителя. Тот из учеников, у кого этот лист оставался на ночь, подвергался порке. В дисциплине школьному начальству помогали и ученики, как правило, старших классов. Они надзирали над младшими, имея особые латинские титулы. Визитаторы, например, следили за учениками, жившими за стенами школы, сеньоры и директоры контролировали порядок в общежитии, цензоры следили за поведением в храме, а авдиторы репетиторствовали со слабейшими.
На заучивание латинских слов и штудирование латинской грамматики уходило много сил. Но это имело и свои положительные стороны. Латинский язык в то время был международным языком европейской богословской и светской науки. Знание его открывало доступ к этой сокровищнице знаний и значительно расширяло кругозор учеников семинарий. Лучших учеников направляли в духовные академии, которых к концу XVIII века стало четыре — в Петербурге, Москве, Киеве и Казани.
При императрице Екатерине II было разработано новое законоположение о духовном образовании. В семинариях стали больше внимания уделять преподаванию не только латинского, но и греческого, а также новых языков. Расширился круг общеобразовательных дисциплин. В учебные планы стали включать географию, историю, физику. Семинарии постепенно стали превращаться в среднеспециальные учебные заведения.