Об успехе Миссии свидетельствует и тот факт, что вскоре было решено в Синоде учредить в Китае епископскую кафедру. Эта мысль нашла полное одобрение и у российского императора Петра: «То дело зело изрядно, что в Пекине построена русская церковь, и что многие китайцы крестились, и чтоб кафедру там учредить. Только поступайте в том аккуратно, — предупреждал Петр, — дабы китайских начальников не привести в злобу, а также иезуитов, которые там от многих времен гнездо свое имеют». Царские опасения не замедлили подтвердиться. Был избран и рукоположен кандидат, однако увидеть Пекин ему так и не удалось. Представители западного христианства — иезуиты, которые появились в Пекине с середины XVI столетия, постарались затормозить действия китайского правительства в пользу Православия. Этот католический орден, узнав о намерениях Русской Церкви и опасаясь встретить в лице православного епископа опасного соперника, настоятельно советовал китайским министрам не допускать нового русского епископа в Пекин. И китайцы послушались иезуитов. В течение переговоров с русскими не раз поднимался вопрос о прибытии в Пекин православного епископа. Однако, как пишет участник этих событий, «о духовной особе, величаемой в документах “великим господином”, китайцы и слышать не хотели. Министры их говорили, что Богдыхан такую превеликую особу никогда принять не повелит, так как у них “великим господином” зовется их первосвященник. если будет прислан архимандрит или священники, то они приняты будут, а епископ никогда не допустится». Таким образом, вопрос о православном епископе в Китае был закрыт и разрешился лишь в начале XX века, когда начальник Миссии в 1902 году был посвящен во епископы.