Обладая от природы решительным характером, Иван на следующий день после похорон товарища тайно ушел из Петербурга в поморские леса на берега Северной Двины и поселился в заброшенной избушке. Крестьяне подкармливали его, а местное начальство было недовольно незаконным поселенцем. После императорского указа с требованием «выявить всех, укрывающихся в лесах от закона», Ушакова арестовали. Он не имел при себе никаких документов. При допросе Иван откровенно сказал, что тайно ушел со службы в гвардии, а потому сразу был доставлен в Санкт-Петербург к императрице Елизавете Петровне.
Вместе с караульным Иван Ушаков стоял во дворе у царского крыльца, дожидаясь решения императрицы о своей дальнейшей судьбе. Семья Ушаковых была известна и уважаема как при дворе, так и среди петербургской знати. Весть о том, что Ушаков найден и доставлен во дворец, быстро пронеслась в гвардейских полках. Многие собрались посмотреть на молодого подвижника, смиренно стоящего у крыльца. В этом изможденном человеке трудно было узнать блестящего гвардейца. Кто-то смеялся над ним, кто-то жалел, а кто-то вообще не верил, что это он.
Императрица Елизавета Петровна была набожна и чтила странников, юродивых и монахов. Не упустила она такой возможности и в этот раз, приказав призвать к себе Ивана. Ушакова провели к императрице. Вот как сам преподобный рассказывал об этой встрече:
— Зачем ты ушел из моего полка? — ласково, по-матерински спросила его императрица.
— Для удобства спасения души, Ваше Величество, — с кротостью отвечал Иван.
— Зная фамилию твою и честное служение предков твоих на благо России, не вменяю тебе побега в проступок и жалую тебя прежним чином, — сказала государыня, словно испытывая твердость стремления Ивана к новой жизни, — вступай в прежнее звание.