В конце концов согласился, сказав: «Да исполнится воля царская! Ведь на всей земле лишь один благочестивый царь — русский. Потому здесь подобает быть Вселенскому патриарху, в старом же Царьграде за наши согрешения вера христианская изгоняется от неверных турок. Благословлю и поставлю того, кого изберет самодержец». Русский царь указал на главу Русской Церкви — московского митрополита Иова. Когда собор утвердил это решение царя, митрополит Иов ответил: «Я раб грешный; но если церковный собор удостаивает меня этого великого сана, то приемлю его с благодарением и нимало вопреки глаголю». И по сей день эти слова первого патриарха повторяет по традиции вновь избранный первосвятитель Русской Церкви.
26 января 1589 года в Успенском соборе Кремля при огромном стечении народа совершилось торжество поставления первого Московского патриарха. Покидая Москву с богатыми дарами, глава Византийской Церкви оставил русскому царю особую грамоту об учреждении в Москве патриаршества.
Возвратившись в Константинополь в 1590 году, патриарх созвал собор всей Восточной Церкви. На нем он объявил, что поставил в Москве патриарха Иова и утвердил право московского собора впредь самому избирать и поставлять себе патриархов. Другие восточные первоиерархи признали это решение вполне законным. Собор также постановил считать Московского патриарха равным по чести и достоинству прочим четырем православным патриархам и определил ему пятое место в диптихе восточных патриархов, после Константинопольского, Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского. Однако, несмотря на это соборное определение, русский первоиерарх фактически как был, так и остался надеждой и опорой всего восточного христианства.