Однако император, не желая отпускать от себя столь яркую личность, назначил Игнатия игуменом Сергиевской пустыни под Петербургом. Более двадцати лет он, жаждущий уединения и покоя, нес это суетное послушание. Игнатий не упускал возможности нравственного воздействия на умы столичного общества. Так, он с резкой критикой относился к литературным произведениям, в которых воспевались «герои», творящие зло от скуки, подобные Печорину или Онегину. Считая, что такая литература наносит серьезный вред неискушенным душам читающей молодежи, Брянчанинов написал повесть о библейском герое — праведном Иосифе, образце чистоты и целомудрия. В предисловии к повести он писал: «Желаем, чтоб многие из последователей Печорина обратились в последователей Иосифа».
Знакомства с Игнатием Брянчаниновым, его советов и наставлений искали многие выдающиеся люди России. Среди них Гоголь, Достоевский, Брюллов, адмирал Нахимов и многие другие. Восхищенный образом жизни и деятельностью святителя Игнатия, писатель Николай Лесков посвятил ему свой рассказ «Инженеры бессребреники». Все покоряло современников в святителе Игнатии: величественная внешность, благородство, особая одухотворенность, степенность и рассудительность. Его литературные труды, в которых он изложил аскетическое учение святых отцов Церкви применительно к требованиям современности. Он духовно окормлял свою многочисленную паству, содействовал нравственному совершенству людей, искавших Бога, раскрывал красоту и величие христианской веры.
В 1857 году Игнатия рукоположили во епископа Кавказского. Менее четырех лет управлял он этой
сложной, охваченной войной кафедрой. Тяжкая болезнь вынудила его в 1861 году подать прошение об увольнении на покой в монастырь, а еще через шесть лет он мирно отошел ко Господу.