Богословская гениальность Хомякова сделала его одним из немногих оригинальных богословов Русской Церкви. В предисловии к его богословским сочинениям ученик и друг Хомякова славянофил Самарин пишет: «В былые времена тех, кто сослужил православному миру такую службу, какую сослужил ему Хомяков, кому удавалось одержать для Церкви над тем или иным заблуждением решительную победу, тех называли учителями Церкви». Особое внимание Хомяков в своих богословских трудах уделял учению о Церкви, ее единстве и авторитете. Он описывает реальность Церкви как очевидец. В его трудах Церковь открывается изнутри, через его опыт жизни в ней. «Христианство познаваемо только изнутри» — это был призыв вернуться на «забытый путь опытного богопознания». Именно этот опытный характер богословия ценили и ценят последующие поколения у Хомякова. Именно в этом его историческая значимость. При жизни Хомяков почти не оказал влияния на богословскую мысль. Богословские сочинения Хомякова были изданы впервые только после его смерти. А в богословский обиход они стали входить еще позже. Но уже к концу XIX века его богословие стало достоянием всего русского Православия.
Алексей Степанович Хомяков умер 23 сентября
1860 года. Осталась записка соседа по имению о его последних минутах: «Когда силы больного стали утрачиваться, Алексею Степановичу предложили собороваться. Он принял предложение с радостной улыбкой: “Очень, очень рад”. Во время совершения Таинства он держал в руках свечу, шепотом повторял молитву и творил крестное знамение. На время ему стало полегче: “Посмотрите, как вы согрелись и глаза просветлели”. “А завтра как будут светлы!” — это были последние слова усопшего. За несколько секунд до кончины он твердо и вполне сознательно осенил себя крестным знамением». По словам Герцена, Хомяков всю жизнь был «подобен средневековым рыцарям, стерегущим храм Богородицы, спал вооруженным, в любой момент дня и ночи готовый стать во всеоружии на защиту Православной Церкви».