Однако вместо богословского диспута и ожидаемых реформ Гуса призвали отречься от своих взглядов. Услышав отказ и требование доказать их несправедливость, проповедника бросили в монастырскую тюрьму. Он писал оттуда своим друзьям: «Меня мучит зубная боль, кровохарканье, головокружение и камни в печени, но именно теперь я учусь молиться и постигаю ценность страданий Христа». Около года Ян Гус провел в заключении, а затем вновь предстал перед Собором, изможденный болезнью и длинными бесплодными допросами. От него требовали покаяния в ереси. Но Гус заявил, что никогда не придерживался учений, в которых его обвиняют. Собор определил лишить Яна Гуса священного сана и приговорил к сожжению.
Когда Гус уже стоял на разгоравшемся костре, он увидел богомольную старушку. Та, проклиная «еретика», принесла на костер вязанку хвороста, уверенная, что тем служит Богу. Улыбнувшись, Ян Гус сказал: «Святая простота!» И пока огонь не ударил ему в лицо, он громко произносил древнюю христианскую молитву: «Иисус Христос, Сын Божий, помилуй меня». Такое бесстрашие Гуса объясняют событием, произошедшим с Яном еще в детстве. Однажды во время сильной бури он возвращался из школы домой. Испугавшись грозы, он спрятался под скалой. В это время одна из молний ударила в сухое дерево, и оно заполыхало. Мать Яна, обеспокоившись отсутствием сына, поспешила ему навстречу. Она нашла мальчика забившимся под скалу. Его долго не могли успокоить. Рыдая, Ян твердил только одно: «Так же как и это дерево, я умру в огне». Удивившись словам мальчика, мать долго и горячо молилась о даровании сыну мужества.
Казнь Гуса вызвала возмущение в Богемии. Четыреста пятьдесят два дворянина заявили о согласии с Гусом и отреклись от решений Собора. Папа, в свою очередь, призвал к крестовому походу против гуситов, что привело к гуситским войнам.