В 1400 году он принимает священный сан и начинает активную проповедь нравственного возрождения. На его беседы собиралось множество жителей Праги. За свою искреннюю веру и призыв к нравственной чистоте он пользовался любовью всех слоев населения: от пражского архиепископа и королевы Богемии до последнего бедняка. Люди словно пробуждались от сна, оставляя свои греховные занятия. И пока он бичевал только пороки мирян, духовное начальство его терпело.
Однако под влиянием взглядов Джона Виклифа Ян Гус начал критиковать жизнь высшего духовенства. Он всей душой желал исправления тех беспорядков и злоупотреблений, которые царили в Римской Церкви. Однако в отличие от английского реформатора, который в своих трудах дошел до отрицания основ веры, Гус остался верен древнему христианству. Он выступал лишь против новшеств, введенных папой для получения еще большей власти. В частности, он осуждал индульгенцию — отпущение грехов за деньги. Высказывался в защиту брачного духовенства. Доказывал, что у Церкви только один глава — Христос, а не папа, как это утвердилось в Римской Церкви. Он учил, что другие епископы, так же как и римский, в одинаковой мере являются преемниками апостолов.
Папа, узнав о новом проповеднике, потребовал доставить его в Рим. Лишь благодаря заступничеству короля и университета дело Гуса было приостановлено, но ненадолго. Через некоторое время, видя, что власти не хотят отдавать своего учителя, папа объявил Прагу отлученной от Церкви. Город был в смятении. Храмы закрывались, никто не отпевал умерших и не совершал венчаний. Гус, не желая втягивать в полемику весь народ, удалился из города. В это время в Констанце открылся церковный Собор, и Ян Гус был приглашен на него, чтобы выступить в защиту своих идей.