Основная роль в создании академии принадлежит двум знаменитым греческим богословам братьям — Иоаникию и Софронию Лихудам. Эти ученые, обладавшие энциклопедическими знаниями, приложили все силы для организации первого на Руси высшего учебного заведения. Глубокое знание и преданность своему делу, чистота православных убеждений и огромное трудолюбие двух братьев уподобляют их другим греческим учителям — святым братьям Кириллу и Мефодию.
Братья Лихуды прибыли в Москву во второй половине XVII века с рекомендательной грамотой от восточных патриархов с целью помочь создать на
Руси высшую школу. Для вновь созданной Академии было построено специальное здание при монастыре Всемилостивого Спаса, известного под названием Заиконоспасского.
Созданная Академия была всесословным учебным заведением. Состав ее учащихся был пестрым. Вот как описывает его современник тех событий: «Сыновья кабального человека, солдата, конюха, купца соседствовали с детьми высших аристократических фамилий, таких как Одоевские или Голицыны». Около половины учащихся Академии были детьми бедноты. Некоторые из дворян не слишком жаловали академию из-за того, что «в оной много подлости», то есть простонародья. Многие ученики-простолюдины подрабатывали, чтобы прокормиться. Такова была участь и знаменитого выпускника Академии Михаила Васильевича Ломоносова. «Мне нельзя было тратить стипендии более чем на один ломоть хлеба и кружку кваса в день, — вспоминает Михаил Васильевич, — остальное уходило на бумагу, чернила и другие нужды. Таким образом жил я пять лет, но наук не оставил».
По характеру своего образования Академия была подобна западноевропейским университетам, которые выпускали не только богословов, но и специалистов для государственной службы, переводчиков, медиков, преподавателей, причем не только для России.