Весь академический курс продолжался около 15 лет. Начинался он с подготовительного класса, который назывался «школой словенского книжного писания», где обучали русской грамоте. После него ученики переходили в «школу греческого книжного писания», где изучали славянскую и греческую грамматику и латынь. Успешно окончившие этот курс приступали к высшей ступени обучения, на которой преподавание шло только на греческом языке. Здесь изучали пиитику, риторику, логику, диалектику, богословие и физику.
Лихуды сами составляли учебники по всем основным предметам, следуя образцам учебных книг европейских университетов. Так, например, в учебниках логики и физики они ориентировались на Аристотеля, который был тогда главным авторитетом в европейской науке. «Уже несколько веков, — пишет Иоанникий в предисловии к своей физике, — все почти академии и университеты избрали Аристотеля вождем и главою, поэтому и мы намерены следовать ему». Однако братья не копировали слепо западную систему. Они критически переосмысливали материал с позиций православного учения. Этим Славяно- греко-латинская академия отличалась от западных университетов: она была православной школой, ее характер определялся не западно-христианской схоластикой или умозрительным рационализмом, а учением святых отцов.
Однако ориентация на широкое гуманитарное образование вызывала подозрение у особо недоверчивых к грекам чиновников. Современник этих событий пишет: «Паки навет и вражда воста на богомудрей- ших и изящнейших в словесех учителей, и злоба. повеле оных основателей школьных в благоразумии же и во благонравии изряднейших и дивных мужей от школ отлучити». Братьев переводят в Новгород. Но и там Лихуды не оставляют того дела, ради которого они приехали в Россию. Они основывают в Великом Новгороде вторую высшую школу, которая впоследствии была оценена как образцовая. Выпускники новгородской школы открывают учебные заведения в Переславле, Коломне, Туле, Орле и становятся рассадниками просвещения для многих городов России.