В марте 1441 года митрополит-кардинал Исидор прибыл в Москву. Здесь его ждали с иным настроением, чем во время его отъезда на Собор. После провозглашения Исидором акта об унии с Римом великий князь велел заключить отступника в Чудов монастырь до соборного разбирательства. Ему предлагали покаяться и вернуться в лоно Православия. Но Исидор наотрез отказался, а через некоторое время сбежал со своим учеником в Рим. Русская Церковь оказалась в трудном положении. С одной стороны, ей необходимо было защитить Православие, с другой — не нарушить каноны и церковные установления. Разрыв с униатским Константинополем был неизбежен. Русской митрополии была необходима самостоятельность, к которой она до сих пор не стремилась. Однако исторические обстоятельства принуждали нашу Церковь перейти к самостоятельному управлению ради блага Православия.
Не сразу, спустя еще шесть лет после побега Исидора, великий князь и собор русских епископов приняли решение об избрании митрополита в Москве из числа русских архиереев. Церковный собор, как и 17 лет тому назад, вновь избрал на митрополичью кафедру рязанского епископа Иону, а 5 декабря 1448 года состоялось торжественное поставление Ионы в русские митрополиты. Это событие стало началом автокефалии, то есть самостоятельности Русской Православной Церкви.
Избранный митрополит Иона был уроженцем костромской земли. Уже в молодости Иона стал монахом и, желая подражать подвигам преподобного Сергия, пришел в московские земли в Симонов монастырь к ученику преподобного. Природная одаренность сочеталась в нем с духовной глубиной монаха-подвижни- ка, каковым он оставался всю свою жизнь. Святитель Иона после своего избрания направил окружное послание во все русские епархии. В нем он объяснял, что причиной нарушения церковного порядка явилось отступничество греков от Православия на Флорентийском Соборе.